La depresión es un trastorno altamente asociado a las personas con síndrome de Asperger, se caracteriza por una disminución de intereses, satisfacción, falta de interés en las relaciones sociales, tristeza, falta de respuestas emocionales y aplanamiento afectivo.

Es fácil la diferenciación de los dos trastornos debido a la variable temporal.

Otro trastornos que se solapa con el síndrome de Asperger es la ansiedad o la fobia social, ésta se caracteriza por un miedo persistente a las relaciones sociales, sobre todo en situaciones nuevas donde la persona se siente evaluada socialmente.

Las personas con síndrome de Asperger rechazan situaciones nuevas pero también muestran problemas ante situaciones cotidianas. Otra diferencia es que la persona con ansiedad social no muestra conductas obsesivas ni intereses restringidos.